การจัดประชุมวิชาการครั้งแรกของคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เกิดขึ้นในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2501 โดยมีวัตถุประสงค์ เพื่อเผยแพร่ผลงานวิชาการด้านการแพทย์ การวิจัย และการสาธารณสุข รวมทั้งเพื่อแลกเปลี่ยนความรู้ทางวิชาการ ให้กับแพทย์ บุคลากรทางการแพทย์ทั้งภายในและภายนอก และความรู้ทางการแพทย์แก่ประชาชนทั่วไปอีกด้วย ด้วยรูปแบบของการจัดประชุมวิชาการต่าง ๆ เช่น การจัดประชุมวิชาการประจำปี การจัดประชุมวิชาการประจำเดือน การเสวนา การอบรมระยะสั้น เป็นต้น
ในอดีต คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ได้กำหนดนโยบายเรื่องการจัดประชุมวิชาการ โดยมอบหมายให้ทุกภาควิชาต่างๆ รับเป็นเจ้าภาพจัดงานประชุมวิชาการในแต่ละปี เรียงลำดับตามตัวอักษรของภาควิชา (เริ่มด้วยอักษร ก เรียงไปจนครบจนถึงตัวอักษรตัวสุดท้าย) ซึ่งหัวหน้าภาควิชาที่เป็นเจ้าภาพหลักในปีนั้นๆ จะถือว่าเป็นประธานคณะกรรมการประชุมวิชาการโดยตำแหน่ง รองประธานจะเป็นหัวหน้าภาควิชา ที่จะต้องดำเนินการจัดประชุมในปีถัดไป และคณะกรรมการจะประกอบด้วยผู้แทนจากภาควิชา หัวหน้างานที่เกี่ยวข้อง ของคณะแพทยศาสตร์ และโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สกากาชาดไทย
พ.ศ. 2543 คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ได้กำหนดให้หน่วยงานประชุมวิชาการอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของฝ่ายวางแผนและพัฒนา (รองคณบดีฝ่ายวางแผนและพัฒนา) และมีการจัดตั้งสำนักงาน ชื่อ ศูนย์การจัดประชุมวิชาการ” ที่ตั้ง ชั้น 1 อาคาร อปร และในเวลาต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็น “ศูนย์ประชุมวิชาการ คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย” จนถึงปัจจุบัน ภายใต้การกำกับดูแลของฝ่ายบริหาร ดำเนินงานภายใต้คณะกรรมการประชุมวิชาการ ทำหน้าที่รองรับการงานจัดประชุมวิชาการ บริหารจัดการ การใช้ห้องเรียน และห้องประชุม อาคาร อปร ให้เกิดประโยชน์มากที่สุด โดยเน้นเรื่องการเรียนการสอนเป็นหลัก ส่วนห้องที่ไม่ได้ถูกใช้งานจะถูกจัดไว้สำหรับรองรับการจัดประชุมวิชาการของหน่วยงานภายในรองลงมา ต่อจากนั้น ทางฝ่ายบริหาร ได้มอบหมายให้บริหารจัดการห้องเรียนเพิ่ม คือ อาคารแพทยพัฒน์ อาคารอานันทมหิดล และอาคารหอพักพัมนาคณาจารย์
พ.ศ. 2564 - ปัจจุบัน ศูนย์ประชุมวิชาการ ได้ถูกบรรจุอยู่ในโครงสร้างของฝ่ายบริการวิชาการ (รองคณบดีฝ่ายบริการวิชาการ) คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
